Creo que hay un hilo por ahí que habla de lo mismo. De todas maneras, el experto en este aspecto es
@Guruhe , que es una inmensa fuente de conocimientos del tema.
YO???

A ver, daré mi opinión pero de experto nada,
@Kanz tiene un 35 quizas el pueda matizar más.
En principio en cuando a costes de mantenimiento sin averías, si no me equivoco distan muy poco entre ambos, el 35 tendrá mas coste en seguro (siempre a igualdad de equipamiento), ruedas (mayor par) y frenos que si recuerdo bien son algo mas grandes, pero es muy similar.
En cuanto a fiabilidad el 3.0 de gasolina atmosférico es conocido por ser una roca, es elástico, fiable y duradero uno de los mejores productos de la marca.
El 35 por contra lleva sobrealimentación con mas o menos la misma la cilindrada y no 1 sino 2 turbos en serie de diferente tamaño , creo que fue el primer coche del mercad en llevar esta disposición de sobrealimentación, fue motor del año y como todo motor cuantos mas componentes mayor comprometida su fiabilidad dado el mayor numero de piezas expuestas a fallo y los turbos hay que cuidarlos sobretodo en enfriamiento.
Prestacionalmente es un motor fantástico que yo creo que casi seguro da en banco más de esos 306Cv que anunciaba sorprende por su par a cualquier régimen, empuja y con ganas, lo que hace que para aprovechar su potencia no requiera un manejo del cambio muy avezado haciéndolo muy fácil de conducir y aún así estirando en rpm más de lo habitual en coche soplados de la época, se comparaba en prestaciones con el anterior M3 a su generación, el E46, el cual para mantener el ritmo de un 35 E92 si exigía a su conductor y requería de un buen manejo del cambio.
Aparte de todo esto, tiene unas enormes posibilidades de potenciación.
Llegado a esto debes de decidir si valoras más las prestaciones o la fiabilidad, o aún mas su uso/usuario anterior.